監測項目依據水體功能和污染源的類型不同而異，其數量參多，但受人力、物力、經費等各種條件的限制，不可能也沒有必要一監測，而應根據實際情況，選擇環境標準中要求控制的包害大，影響范圍廣，并已建立可靠分析測定方法的項目，根據該原則，發達國家相繼提出優先監測污染物，例如，美國（EPA)在“清潔水法”（CWA)中規定了129種優先監測污染物；前蘇聯衛生部公布了561種有機污染物在水中的極限允許濃度：我國環境監測總站提出了68種水環境優先監測污染物黑名單。
《地表水和污水監測技術規范》（HJ/T91-2002)中規定的確定監測項目的原則如下。
(1) 選擇國家和地方的地表水環境質量標準中要求控制的監測項目。
(2) 選擇對人和生物危害大、對地表水環境影響范圍廠的污染物。
(3) 選擇國家水污染物排放標準中要求控制的監測項目。
(4) 所選監測項目有“標準分析方法”和“全國統一監測分析方法”。
(5) 各地區可根據本地區污染源的特征和水環境保護功能的劃分，酌情增加某些選測項目：根據本地區經濟發展、監測條件的改善及技術水平的提高，可酌情增加某些污染源和地表水監測項目。
